卷首部分----“本草綱目凡例”。其內容包含本卷的目錄以及附圖1160幅。
卷一至卷四部分----“序例” 和“百病主治藥”。
卷五至卷五十二部分----這是《本草綱目》的主要內容,它把所收錄的1892藥物細分為16部,部下又分類,總計60類,在大多數藥物后面,都附有歷代的經驗藥方11096個,其中有8160個是來自李時珍親自收集。
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